实验室实行“开放、流动、联合、竞争”的运行机制。实验室仪器设备本着“面向社会、开放使用”的原则常年对校内外实行开放共享。大型仪器均由专人管理，负责仪器设备的预约、登记、使用、清洁与维护等日常工作和资料的统计与上报工作，精密仪器定期进行计量校准，确保了仪器设备的精确性和完好率，为顺利、有序、高效地开展工作提供了保障。进入实验室从事科研工作的人员，均需履行实验申请手续、实验人员可根据课题组需要选择相关的技术接受培训，经考核合格后方可录入实验室门禁系统，佩证上岗，在实验室从事与培训相应的实验项目。

实验室建设期间购置透射电子显微镜、超高效液相色谱串联四级杆飞行时间质谱联用仪、流式细胞分选仪、超薄切片机、四通道血小板聚集仪等大型仪器设备（市值超 2000 万元）。实验室 30 万元以上大型仪器均已加入安徽省大型科学仪器设备共享服务平台，对全社会开放，目前大型仪器使用率较高，如液质联用仪年使用时间为 1500 小时/台、流式细胞仪年使用时间400 小时/台、高效液相色谱仪年使用时间 2000 小时/台。

为提升实验室的科研能力，2024年度新安医学教育部重点实验室采购了一批先进的仪器设备，包括超高效液相色谱串联三重四极杆质谱仪、小动物脑功能成像系统及高内涵成像系统MD ImageXpress Micro，将为实验室开展高水平研究提供有力支持，助力新安医学的传承创新和中医药现代化发展。

实验室依托学校大型设备开放平台，将所有大型仪器设备纳入对外开放，实行预约管理，运行良好。目前开放共享仪器设备数32台，科研仪器设备使用率、外服务率等逐年提升。实验室专业性技术创新平台、科技创新创业服务机构服务水平均进一步得到提高，进一步提升了实验室对校内外的科研服务能力。